De Havekes Mölle is gebouwd in 1898 in opdracht van de familie Havekes. Op de plaats van de huidige molen stond al midden 14e eeuw een standerdmolen, welke altijd nauw verbonden is geweest met het landgoed Duistervoorde.

Op 17 augustus 1830 kocht Jan Havekes deze standerdmolen voor 11.020 gulden van de toenmalige eigenaar van het landgoed Duistervoorde, wijnhandelaar Johan Carl Goldenberg uit Deventer. De vader van Jan Havekes, Lucas, was ooit al pachter geweest van de Duistervoordse molen. De erven Antoni Havekes besloten in 1896 de molen wegens bouwvalligheid af te breken en op dezelfde plaats de huidige molen te bouwen. Onderdelen van de oude molen werden in de nieuwe molen hergebruikt.

In 1898 was de bouw van de huidige molen voltooid en werd deze in gebruik genomen. In 1919 werd de molen verkocht aan molenaar Antonius Franciscus Fakkert, waardoor de molen in Twello en Duistervoorde 'de mölle van Fakkert' genoemd werd. De industrialisatie ging ook aan deze molen niet voorbij en de molen kwam, evenals vele andere molens, stil te staan en raakte in verval. In 1975 kon de molen echter na een restauratie weer draaien, maar toch stond de molen in 1982 weer stil en werd de 'mölle van Fakkert' uiteindelijk verkocht. In 1982 kwam er definitief een einde aan de stilstand en werd 'Stichting Behoud Havekes Mölle' opgericht. Dankzij de hulp van veel enthousiaste vrijwilligers kon de molen herstel en maalvaardig gemaakt worden.